|
|
Studium protektivního účinku 3-hydroxybutyrátu a jeho derivátů
Černá, Klára ; Smilek, Jiří (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je studium chemických chaperonů, jakožto ochranných látek enzymů před denaturačními procesy. V experimentální části práce byly zkoumány protektivní účinky pěti vybraných potenciálních protektivních látek – derivátů 3-hydroxybutyrátu – na dvou modelových enzymech: lipáze a lysozymu. Protektivní účinky potenciálních chemických chaperonů byly zkoumány metodou dynamického rozptylu světla (DLS), kterou byla stanovována distribuce velikosti vznikajících agregátů lipázy v závislosti na teplotě při tepelně indukované denaturaci. Dále byla použita diferenciální kompenzační kalorimetrie (DSC), kterou byla stanovena teplota denaturace lysozymu v přítomnosti nebo nepřítomnosti potenciálně protektivních látek. Posledním parametrem bylo stanovení vlivu potenciálně protektivních látek při různých koncentracích na katalytickou aktivitu lipázy a stanovení residuální aktivity lipázy po aplikaci dvou denaturačních faktorů – zvýšené teploty a mražení. Ze všech testovaných strukturních analogů 3-hydroxybutyrátu byl nejvyšší protektivní efekt (stabilizace molekuly enzymu) pozorován u jantaranu, který disponuje dvěma karboxylovými skupinami. Naopak 1,3-butandiol nevykázal prakticky žádnou protektivní účinnost, což dokazuje, že přítomnost karboxylové skupiny je pro protektivní účinek zcela zásadní. Nízká protektivní účinnost butyrátu dále naznačuje, že je nezbytné, aby efektivní protektant kromě karboxylové skupiny obsahoval i další funkční skupinu – ať už karboxylovou nebo hydroxylovou. Výraznější protektivní účinek byl pozorován u 3-hydroxybutyrátu, než-li u 2-hydroxybutyrátu. Je zajímavé, že efektivní protektanty zároveň při vyšších koncentracích výrazně inhibují enzymovou aktivitu modelového enzymu, což pravděpodobně souvisí se solvatací a konformací proteinu v přítomnosti protektantů a dostupností aktivního místa pro substrát.
|
|
|
Využití nanomateriálů ke zlepšení optické detekce biomolekul
Špačková, Simona ; Kristýna, Pavelicová (oponent) ; Bezděková, Jaroslava (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá moderními metodami značení biomolekul. Pozornost je věnována především luminiscenčnímu značení polovodičovými kvantovými tečkami, optimalizaci přípravy a charakterizaci kvantových teček (QDs) a jejich biokonjugátů s peptidem Ala4, který má antibakteriální vlastnosti. První způsob přípravy QDs využíval působení UV-záření a konjugace se studovaným peptidem byla provedena přes tiolovou skupinu peptidu. Druhý typ QDs byl připraven termicky a konjugace s peptidem byla provedena pomocí linkerů EDC/sulfo-NHS, které umožnily tvorbu peptidové vazby mezi karboxylovou skupinou QDs a amino skupinou peptidu. Další část práce je zaměřena na studium vlivu konjugace na antimikrobiální aktivitu peptidu. Pro ověření antimikrobiálních vlastností peptidu byla pozorována interakce mezi konjugátem QDs-Ala4 a bakterií Staphylococcus aureus. Takto připravené konjugáty byly charakterizovány fluorescenční spektroskopií a kapilární elektroforézou s absorpční detekcí (–214 nm).
|
|
|
Porovnání gelové a kapilární elektroforézy bílkovin
Krbec, Michal ; Franěk, Tomáš (vedoucí práce) ; Kotaška, Karel (oponent)
Elektroforéza sérových proteinu je jednou z metod užívaných v laboratorní diagnostice patologických stavu, ale i k výzkumným úcelum. Jde o jednostupnovou metodu, pri níž dochází k izolaci jednotlivých proteinu ze smesi (nejcasteji krevních bílkovin) v elektrickém poli v prítomnosti vhodného pufru a na vhodném nosici na základe jejich ruzné pohyblivosti, závislé na jejich povrchovém náboji a molekulové hmotnosti. Puvodne býval nosicem papír, pozdeji acetátcelulózová membrána a nyní již témer výhradne agaróza (cištený agar s nízkou endoosmózou), prípadne polyakrylamid (PAA). Mým úkolem v této práci bylo analyzovat sérii vzorku metodou gelové elektroforézy a následne analyzovat stejnou sérii i metodou kapilární elektroforézy. Výsledky získané obema metodami jsem zpracoval numericky, vzájemne porovnal a statisticky zhodnotil. Výstupem mojí práce je porovnání gelové a kapilární elektroforézy, zhodnocení výhod, nevýhod a zejména rozdílu mezi obema metodami.
|
|
|
Využití nanomateriálů ke zlepšení optické detekce biomolekul
Špačková, Simona ; Kristýna, Pavelicová (oponent) ; Bezděková, Jaroslava (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá moderními metodami značení biomolekul. Pozornost je věnována především luminiscenčnímu značení polovodičovými kvantovými tečkami, optimalizaci přípravy a charakterizaci kvantových teček (QDs) a jejich biokonjugátů s peptidem Ala4, který má antibakteriální vlastnosti. První způsob přípravy QDs využíval působení UV-záření a konjugace se studovaným peptidem byla provedena přes tiolovou skupinu peptidu. Druhý typ QDs byl připraven termicky a konjugace s peptidem byla provedena pomocí linkerů EDC/sulfo-NHS, které umožnily tvorbu peptidové vazby mezi karboxylovou skupinou QDs a amino skupinou peptidu. Další část práce je zaměřena na studium vlivu konjugace na antimikrobiální aktivitu peptidu. Pro ověření antimikrobiálních vlastností peptidu byla pozorována interakce mezi konjugátem QDs-Ala4 a bakterií Staphylococcus aureus. Takto připravené konjugáty byly charakterizovány fluorescenční spektroskopií a kapilární elektroforézou s absorpční detekcí (–214 nm).
|
|
|
Stanovení CDT metodou kapilární zónové elektroforézy
BUREŠOVÁ, Kristýna
Abusus alkoholu patří v rozvinutých zemích k velmi závažným celospolečenským problémům s mnoha sociálními a ekonomickými dopady. Diagnostikovat chronický abusus alkoholu může být v mnoha případech velmi komplikované a základem je dobrá spolupráce klinického lékaře a laboratorního pracoviště. Rutinní diagnostika chronického abusu alkoholu je v dnešní době založena na vyšetření GGT, MCV a poměru AST/ALT. Jako marker s nejvyšší diagnostickou validitou se dnes považuje karbohydrát deficientní transferin (CDT). Molekula transferinu se skládá ze dvou polysacharidových řetězců, kde na každém mohou být navázány až čtyři zbytky kyseliny sialové (tzv.sializace). Tato sializace však může být již po dvoutýdenním zvýšeném příjmu alkoholu výrazně snížena. Detekce těchto méně sializovaných molekul transferinu, označovaných jako CDT, může být využita v diagnostice chronického abusu alkoholu. Literární údaje o diagnostické validitě CDT jsou však vysoce variabilní. CDT má odlišnou validitu u žen a u mužů, nejvyšší diagnostické validity dosahujeme právě jeho stanovením v kombinaci s ostatními markery. Experimentální část byla provedena na přístroji MINICAP, který pracuje na principu kapilární zónové elektroforézy. Měření bylo provedeno z kontrolních materiálů a ze směsného séra pacientů. Z naměřených hodnot byly poté vypočítány potřebné statistické veličiny, jako je aritmetický průměr, směrodatná odchylka a variační koeficient. Na základě výpočtů byla poté provedena a zhodnocena validace metody na přístroji MINICAP pro stanovení CDT.
|
|
|
Porovnání gelové a kapilární elektroforézy bílkovin
Krbec, Michal ; Franěk, Tomáš (vedoucí práce) ; Kotaška, Karel (oponent)
Elektroforéza sérových proteinu je jednou z metod užívaných v laboratorní diagnostice patologických stavu, ale i k výzkumným úcelum. Jde o jednostupnovou metodu, pri níž dochází k izolaci jednotlivých proteinu ze smesi (nejcasteji krevních bílkovin) v elektrickém poli v prítomnosti vhodného pufru a na vhodném nosici na základe jejich ruzné pohyblivosti, závislé na jejich povrchovém náboji a molekulové hmotnosti. Puvodne býval nosicem papír, pozdeji acetátcelulózová membrána a nyní již témer výhradne agaróza (cištený agar s nízkou endoosmózou), prípadne polyakrylamid (PAA). Mým úkolem v této práci bylo analyzovat sérii vzorku metodou gelové elektroforézy a následne analyzovat stejnou sérii i metodou kapilární elektroforézy. Výsledky získané obema metodami jsem zpracoval numericky, vzájemne porovnal a statisticky zhodnotil. Výstupem mojí práce je porovnání gelové a kapilární elektroforézy, zhodnocení výhod, nevýhod a zejména rozdílu mezi obema metodami.
|
|
|
Studium protektivního účinku 3-hydroxybutyrátu a jeho derivátů
Černá, Klára ; Smilek, Jiří (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je studium chemických chaperonů, jakožto ochranných látek enzymů před denaturačními procesy. V experimentální části práce byly zkoumány protektivní účinky pěti vybraných potenciálních protektivních látek – derivátů 3-hydroxybutyrátu – na dvou modelových enzymech: lipáze a lysozymu. Protektivní účinky potenciálních chemických chaperonů byly zkoumány metodou dynamického rozptylu světla (DLS), kterou byla stanovována distribuce velikosti vznikajících agregátů lipázy v závislosti na teplotě při tepelně indukované denaturaci. Dále byla použita diferenciální kompenzační kalorimetrie (DSC), kterou byla stanovena teplota denaturace lysozymu v přítomnosti nebo nepřítomnosti potenciálně protektivních látek. Posledním parametrem bylo stanovení vlivu potenciálně protektivních látek při různých koncentracích na katalytickou aktivitu lipázy a stanovení residuální aktivity lipázy po aplikaci dvou denaturačních faktorů – zvýšené teploty a mražení. Ze všech testovaných strukturních analogů 3-hydroxybutyrátu byl nejvyšší protektivní efekt (stabilizace molekuly enzymu) pozorován u jantaranu, který disponuje dvěma karboxylovými skupinami. Naopak 1,3-butandiol nevykázal prakticky žádnou protektivní účinnost, což dokazuje, že přítomnost karboxylové skupiny je pro protektivní účinek zcela zásadní. Nízká protektivní účinnost butyrátu dále naznačuje, že je nezbytné, aby efektivní protektant kromě karboxylové skupiny obsahoval i další funkční skupinu – ať už karboxylovou nebo hydroxylovou. Výraznější protektivní účinek byl pozorován u 3-hydroxybutyrátu, než-li u 2-hydroxybutyrátu. Je zajímavé, že efektivní protektanty zároveň při vyšších koncentracích výrazně inhibují enzymovou aktivitu modelového enzymu, což pravděpodobně souvisí se solvatací a konformací proteinu v přítomnosti protektantů a dostupností aktivního místa pro substrát.
|
host ::
RSS.